24 октября 1950 года согласно Директиве Военного Министерства СССР № Орг/2/395832 в составе Закавказского военного округа были сформированы 85 отдельная рота специального назначения в г.Ереван подчинённая штабу 7 Армии и 86 отдельная рота специального назначения в г.Баку подчинённая штабу 4 Армии. В личном составе каждой роты было 120 человек.
9 августа 1957 года вышла директива Начальника Генерального штаба ОШ/1/244878 об укрупнении отдельных рот специального назначения до отдельных батальонов специального назначения. Согласно этой директиве на основе 85 и 86 рот был создан 43 отдельный батальон специального назначения с личным составом 376 человек.
Местом для дислокации 43-го батальона был выбран н.п. Манглиси в Тетрицкаройском районе Грузинской ССР.
В связи с решением военного руководства об укрупнении частей специального назначения и увеличении численности их личного состава, 19 июля 1962 года вышла директива Генштаба ВС СССР № 140547 согласно которой в Закавказском военном округе следовало сформировать кадрированную 12 бригаду специального назначения по штатам мирного времени. Местом дислокации новой бригады был выбран г.Лагодехи Грузинской ССР. Создание бригады началось 17 сентября 1962 и закончилось к 1 марта 1963 года. Бригада получила условное обозначение войсковая часть 64406. При этом личный состав кадрированной 12 бригады по численности уступал личному составу 43 отдельного батальона специального назначения, дислоцированного в н.п. Манглиси.
Осенью 1963 года в Лагодехи из Манглиси был передислоцирован 43 отдельный батальон специального назначения, который вскоре был расформирован а его военнослужащие были включены в личный состав 12 бригады.
Днём образования бригады (День части) было объявлено 5 декабря 1962 года.
В 1978 году бригаде был присвоен статус «отдельной».
В 1980 году на её базе был сформирован 173 отдельный отряд специального назначения, принимавший участие в войне в Афганистане в составе 22 отдельной бригады специального назначения.
В 1988–1989 годах три отряда бригады участвовали в восстановлении конституционного порядка в Азербайджане и Грузии.
С 3 сентября 1992 года бригада вошла в состав Уральского военного округа (г.Асбест Свердловской обл.).
В 1995 году 33-й отдельный отряд бригады был введен в Чечню. С 13 августа 1999 года он был переведен в Дагестан.
29 августа 2009 года бригада была расформирована.
За успешное выполнение боевых задач многие военнослужащие были награждены правительственными орденами и медалями. Пять человек получили звание Героев России, трое из них — посмертно.
